Специальный агент Дана Скалли назначена напарником специального агента Фокса Малдера, чью сестру, как он сам считает, в детстве похитили инопланетяне, для оценки его работы над проектом Секретные материалы. В попытках доказать существование внеземных цивилизаций и использование военными технологий пришельцев агенты вступают в противоборство с тайной силой в правительстве, которая всеми способами стремится помешать им. Но с помощью тайного информатора агентам удается разгадывать все новые и новые загадки.