У Шрека и Фионы — медовый месяц. Они получают послание от родителей Фионы — короля и королевы Тридевятого королевства (англ. Far Far Away). Фиона уговаривает мужа поехать, утверждая, что родители будут рады их видеть, и в конце концов они оставляют дом на «сказочных существ», берут Осла и уезжают на своей карете-луковице.

Но когда король Гарольд видит Шрека и Фиону, особенной радости он не испытывает. По идее, Фиону должен был освободить и взять в жены Прекрасный Принц, но он, очевидно, опоздал. Далее оказывается, что мать Принца — фея-Крестная Фионы, и они давно уже замышляют прибрать к рукам Тридевятое королевство.

Крестная шантажом вынуждает короля нанять убийцу, чтобы избавиться от Шрека — Кота в Сапогах. Но тот проваливает задание и просит Шрека позволить сопровождать его. Шрек с друзьями похищает у Феи эликсир, который превращает в человека и его, и Фиону — но ненадолго. Фиону, чтобы заклятие закрепилось, еще нужно поцеловать. Но Крестная и Принц не сдаются и строят новые козни…